自從連鎖經營模式在我國發展以來，一批醫藥連鎖經營企業相繼出現，然而專家們指出，物流的滯后已成為擴大連鎖經營的重要障礙。目前為發展醫藥連鎖經營在構建現代物流體系中，存在著諸多阻礙因素：如物流觀念落后，缺乏戰略性物流體系構建規劃；物流基礎薄弱，物流技術整合落后；物流信息化進程落后；第三方物流組織缺乏和能力薄弱等都有待進一步完善和發展。成本過高使得醫藥連鎖經營步履維艱。
　　 自建配送中心規模小
　　 我國醫藥連鎖業目前尚處在起步階段，流通的社會化和現代化程度不高，再加上受傳統自給自足、“小而全”的醫藥流通體制的影響，當前國內醫藥連鎖業的物流問題已成為制約醫藥連鎖經營發展的瓶頸之一。
　　 廣州是藥品零售市場成熟的城市，藥店多過米鋪，競爭白熱化，地區的“價格沖突”無可避免。有業內人士估計，目前國內醫藥商業的平均毛利率跌到僅0．5％左右。醫藥連鎖企業自建配送中心的費用占銷售額約1％—2％，是除租金、水電費用和人員工資外的第三大成本支出，商家琢磨著：如果能取消內部配送，實現社會配送，縮減的成本可不是個小數目。
　　 廣州市海王星辰醫藥有限公司在廣州的連鎖網絡鋪得很大，現有47家分店，為了支撐整個連鎖系統的運轉，建立配送中心花了不少力氣。海王星辰總經理趙東強稱，其廣州辦事處辦公室有兩層樓，其中一層就專門用來做配送中心，上面冷藏室、冷凍庫等一個都不能少。而單配送中心的員工就有幾十人。每個門店要貨都得向配送中心申請，再由配送中心向供應商拿貨。趙東強表示，為提高醫藥連鎖企業的門檻，“10家以上分店，自備配送中心”是政府的兩個硬條件。但由于自建配送中心規模小，不專業，反應不直接，導致配貨時間慢，差錯率高。物流成本成為企業成本中心
　　 醫藥流通企業的利潤占醫藥行業利潤的大部分，但目前賺錢的企業不多，醫藥流通全行業的銷售利潤率不到1％，全國30個省市有15個省出現總體性虧損。有統計表明，中國的醫藥流通企業費用率非常高，其毛利率平均為12．69％，費用率平均為12％左右，很多醫藥流通企業虧損嚴重。廣東本草藥業作為廣東省流通企業的“龍頭”之一，目前正迅速擴充連鎖門店及構筑銷售網絡，同時也面臨藥品配送問題的考驗。據本草藥業連鎖有限公司黨委書記王東才介紹，醫藥連鎖企業的三大主要業務是藥品采購、開門店及藥品配送，配送中心成本高且不穩定一直拖企業發展的“后腿”，成為企業的成本中心。據深圳市藥品監督管理局統計顯示，2002年深圳市藥品銷售額為95億元，藥品的流通費用卻占成本的15％。只要降低一個百分點，節約的費用相當于全市目前多個行業內中小企業的全部純利潤。物流設施低水平重復建設
　　 與缺乏全國性的藥品分銷物流企業相對應，我國藥品連鎖零售企業也僅停留在小賣店的分散經營階段，藥店布局不合理，大多集中于城區，特別是城區中心和繁華地帶，沒有形成網絡化的覆蓋，沒有品牌企業、經營分散、采購渠道多樣。
　　 目前整個醫藥市場還沒有專門的社會化物流企業，配送中心一般由醫藥連鎖企業自辦，只為組織內連鎖店提供服務。配送中心的功能和作用尚未得到充分發揮，相當一部分連鎖企業只是將原有的批發倉庫簡單地換一個牌子，改名為配送中心，內部組織基本上沒有變化。而且，大多數醫藥零售企業的配送中心仍然靠人工手寫的方式進行藥品分揀、包裝、配送，尚未實現配送中心與各零售藥店之間的網絡化管理，無法實現遠程數據、信息的雙向實時交換，對市場缺乏及時、準確、動態的把握。另一方面在集約化、規模化、連鎖經營的形式下，醫藥商業企業為了搶占市場，迅速在各地組織配送人力和運輸工具，爭相建立連鎖配送中心，出現了新一輪的低水平重復建設現象。缺乏相關行業供應鏈管理技術
　　 我國專業藥品分銷物流缺乏相關行業的供應鏈管理技術，還沒有建立配套的藥品物流體系。藥品的研發、分銷、物流、零售的社會化程度低，行業上下游企業合作水平低，藥品流通企業要12個點的毛利才能保持不虧。藥品沒有規范統一的條形碼，銀行結算系統尚不完善，信用制度還遠不夠健全等。國際藥品物流分銷企業集約化程度高、成本低。美國CARDINAL公司設在圣路易斯的物流中心只有7個人，一年卻有15億美元的銷售額，只要1個點的毛利就有利潤空間。
　　 隨著醫藥連鎖經營業態的不斷發展，以上這些問題將會更加突出，事實上，政府主管部門也認識到中國醫藥流通領域改革的急迫性。國家政策開始重視扶持醫藥物流體系建設，外經貿部開始在江蘇、浙江、廣東、北京、天津、重慶、上海、深圳8地開展外資參股物流企業的試點，同時，原國家經貿委計劃爭取10個國家貼息的醫藥物流中心建設項目。