2005年深圳港外貿貨物吞吐量達1.05億噸，首次突破億噸大關，增長13.49%。而海關統計，海運口岸集裝箱吞吐量突破1500萬標箱，達到1566萬標箱，比2004年增長20%，穩居世界第四大集裝箱口岸。
　　其中西部港區吞吐量接近800萬標箱，同比增長25%；深圳鹽田港集裝箱吞吐量達766萬箱，比去年同期增長18%，單港集裝箱吞吐量繼續居全國第一。
　　鹽田柜量居全國第一
　　深圳海關表示會積極推進CEPA實施、區域通關改革以及中國與東盟自由貿易區經濟自由化進程，促進了深圳與香港、東南亞貿易往來，為深圳港作為華南地區樞紐港和沿海主樞紐港進一步發展提供了充分條件，推動了港口適箱業務的快速發展。并伴隨改革報關模式，實行一般貿易進口貨物“提前申報，貨到驗放”通關新模式。由原來確定的四家信譽良好的試點企業基礎上實現全面推廣。目前，企業在現場海關環節的所有通關手續在一個工作日內完成，比改革之前縮減了二至三天時間，大幅降低企業的通關成本。
　　海關新機制港口提速
　　據了解，深圳海關在深圳港口實行新的查驗機制，實行智能化集中查驗。改變原來海關分散查驗的作業模式，在鹽田港區建立封閉式查驗中心，運用CCIS查驗調度系統等五大信息系統，全面推行集中式、專業化、電子化查驗作業模式。自集中查驗中心啟動以來，海關監管效能明顯提升，實現了人查能力由一百二十柜每天增至五百柜每天，實際平均查驗量達到二百柜每天，查驗當天放行率達九成二八，基本實現當天報關、當天查驗、當天放行，降低了企業通關成本。深圳海關率先實施出口監管倉庫“入倉即予退稅”新政策，積極支持發展物流增值業務，提高了出口企業的積極性，有力促進港口配套產業的快速發展。
　　今年增長率將逾一成
　　2005年深圳港口基礎設施建設進一步加快，期內全港先后有5個集裝箱新泊位建成投入營運，新增集裝箱吞吐能力191萬標箱?？偼顿Y180多億元的鹽田三期擴建、大鏟灣一期工程項目獲國家發改委核準并開工建設。專家預測，2006年深圳港貨物和集裝箱吞吐量的增長率將在10-15%之間。